Ponieważ Bieszczady są górami stosunkowo małymi, biocenozy o charakterze alpejskim zlokalizowane są na najwyższych grzbietach i szczytach gór gdzie zajmują małe powierzchnie. W tych właśnie biocenozach, występują zbiorowiska roślinne o najwyższych walorach, a w nich mają swoje stanowiska najcenniejsze gatunki roślin i zwierząt bezkręgowych. Miejsca te, będące również atrakcyjnymi punktami widokowymi, są nadmiernie rozdeptywane przez turystów. Niska kultura turystyczna, a także słaba świadomość ekologiczna części turystów, objawiają się schodzeniem ze szlaków, rozsiadaniem się na murawach alpejskich, wspinaniem się na wychodnie skalne. Takie zachowania prowadzą do silnej degradacji otoczenia przyrodniczego szlaków, szczególnie w wyższych położeniach górskich. Przeciwdziałaniu degradacji otoczenia przyrodniczego szlaków turystycznych mogą służyć systematycznie wykonywane przez służby Parku prace konserwacyjne, polegające, między innymi, na właściwym profilowaniu ścieżek, utwardzaniu i odwadnianiu niektórych ich odcinków. W sytuacji gdy szlak jest nadmiernie obciążony i zniszczenie narasta, należy limitować liczbę zwiedzających, sprzedając ściśle określoną liczbę biletów wstępu na dzień. Niektóre szlaki powinny być też okresowo zamykane, np. w czasie długotrwałych opadów, gdy wzrasta stopień uwilgocenia gleby i szlak staje się zbyt błotnisty.
W Parku od kilku lat prowadzony jest monitoring oddziaływania turystyki na otoczenie przyrodnicze szlaków turystycznych. Wykonuje się pomiary szerokości i głębokości ścieżek, mierzy się strefy rozdeptania na kopułach szczytowych, ocenia się zakres zmian zachodzących w szacie roślinnej i parametrów fizyko-chemicznych gleby.
Ponieważ jednym z głównych celów BdPN jest ochrona dużych zwierząt puszczańskich, należy czas zwiedzania Parku ograniczyć do godzin dziennych, ażeby umożliwić swobodne przemieszczanie się zwierząt nocą i o świcie. Dlatego Plan Ochrony i regulamin dla turystów zakazują nocnych wędrówek, a tym bardziej nocowania poza wyznaczonymi obiektami i polami namiotowymi.
Niekorzystny wpływ na prawidłowy rozwój chronionych w Parku dużych drapieżnych ssaków oraz drapieżnych ptaków, mogłoby mieć wykonywanie zabiegów w drzewostanach w pobliżu gawr, barłogów, nor i miejsc gniazdowania.
Ochrona populacji niedźwiedzia oraz innych gatunków przed synantropizacją, polega między innymi na bezwzględnym przeciwdziałaniu penetracji ścisłych rezerwatów przez zbieraczy poroży lub zbieraczy borówek, jak też amatorów wędrowania „na dziko”.
Ponadto bardzo szkodliwe jest wyrzucanie przez turystów opakowań i odpadków spożywczych. Ich intensywny zapach przywabia zwierzęta i zachęca je do odwiedzania miejsc, w których przebywa człowiek. Stwierdza się przypadki odwiedzania kontenerów ze śmieciami przez niedźwiedzie. Wzrost częstotliwości takich zdarzeń może doprowadzać do konfliktów pomiędzy tym gatunkiem a człowiekiem. Tylko od człowieka zależy by nie tworzył miejsc kontaktu. Pojemniki na śmieci powinny być zlokalizowane w ogrodzeniach, dokładnie zamknięte i często opróżniane.
W obszarach ochrony częściowej, gdzie wykonywane są różne zabiegi ochronne, szczególnie ważna jest wiedza o rozmieszczeniu stanowisk rzadkich gatunków roślin i zwierząt oraz troska o ich zachowanie.
Potoki górskie to ekosystemy w których występuje duża liczba cennych i rzadkich gatunków drobnych zwierząt. Ich ochrona sprowadza się na ogół do przeciwdziałania zrzucaniu ścieków zanieczyszczających środowisko wodne. Dbałość o sprawne funkcjonowanie oczyszczalni ścieków oraz prowadzenie monitoringu hydrochemicznego i hydrobiologicznego to bardzo ważne zadania Parku.
Innym zagrożeniem, które Park powinien jak najszybciej wyeliminować jest system rowów melioracyjnych odwadniających w dolinie Wołosatego i Tarnawy Niżnej wyjątkowo cenne torfowiska wysokie i niskie. Ażeby zahamować murszenie gleb torfowych i degradację zbiorowisk, należy wybudować liczne przegrody ziemne i zastawki.
Ochrona populacji żubra, jelenia, łosia, niedźwiedzia, wilka, rysia oraz dużych drapieżnych ptaków nie jest do końca możliwa w Bieszczadzkim Parku Narodowym, który ma zbyt małą powierzchnie by skutecznie ochraniać zwierzęta o dużych areałach lub schodzące w okresie zimy na niżej położone obszary poza granice Parku.
Zagrożeniem dla tych zwierząt mogą być różne zjawiska występujące poza granicami Parku, a zwłaszcza w jego otulinie. Na przykład nieprawidłowo prowadzona gospodarka łowiecka, ukierunkowana na wybiórczą i nadmierną eksploatację samców jelenia prowadzi do deformacji struktury płciowej i wiekowej populacji tego gatunku, który w ekosystemach BdPN odgrywa ważną rolę.
Gatunkiem szczególnej troski pozostaje nadal żubr. Niska liczebność bieszczadzkiej populacji żubra powoduje, że jej stabilność jest poważnie zagrożona. Nie można wykluczyć, że negatywny wpływ na tę populacje miały polowania dewizowe. W latach 1984-1988 w Bieszczadach strzelano rocznie od 20 do 30 osobników żubra znajdującego się na liście gatunków prawnie chronionych.
Do innego typu zagrożeń przyrody BdPN należą koncepcje budowy w otulinie dużych stacji narciarskich lub zapór betonowych w górnym biegu górskich potoków.
Bieszczadzki
